醫療設備中使用的醫療器械和外科器械大多為耐熱材料，因此需要加熱，主要是蒸汽消毒。然而，自1950年以來，由塑料等需要低溫滅菌的材料制成的醫療設備和器械的數量有所增加。自20世紀50年代以來，環氧乙烷就被用于熱敏和濕敏醫療器械。在過去的15年里，一些新的低溫滅菌系統(如過氧化氫氣體等離子體、過氧乙酸浸泡、臭氧)被開發出來并用于醫療設備的滅菌。

滅菌消除了物品表面或液體中的所有微生物，以防止與使用有關的疾病的傳播。雖然使用未充分消毒的關鍵物品是病原體傳播的高風險，但有記錄的與未充分消毒的關鍵物品相關的病原體傳播極為罕見。這可能是由于衛生保健設備中使用的滅菌過程具有廣泛的安全性。什么是“無菌”的概念是衡量的概率無菌為每一次絕育。該概率通常被稱為產品的無菌保證水平(SAL)，定義為產品滅菌后單個活菌發生的概率。

接觸無菌身體組織或液體的醫療設備被認為是重要的。這些物品在使用時應消毒，因為任何微生物污染都可能導致疾病的傳播。這些物品包括手術器械、活組織檢查鉗和植入的醫療設備。如果這些物品是耐熱的，推薦的滅菌過程是蒸汽滅菌，因為它的可靠性，一致性和致命性是安全保證。然而，對熱濕敏感物品的再處理需要使用低溫殺菌技術(如環氧乙烷、過氧化氫氣體等)。